자연 교육원은 대도시 도쿄 중심에 있지만 풍부한 자연이 남아 있는 도시 안의 오아시스로 귀중한 산림녹화지이다. 원내에는 코나라, 케야키, 미즈키 등의 낙엽 나무, 스다지, 카시류, 마츠류 등의 상록수가 펼쳐져 있으며 스스키와 요시의 초원, 연못과 작은 강 등이 있다. 사계절에 걸쳐서 다양한 풀과 꽃, 곤충 등의 생물을 가까운 곳에서 관찰 할 수 있다. 입장객을 대상으로 일요 관찬회와 식물생태학 세미나, 녹음 사이엔스 카페, 자연사 세미나, 어린이들도 자연 교실 등을 개최하고 있다.